清朝到民国300多年间，嵩山道教和全国道教一样，是受到冷落进而遭到衰败时期。明代，正一教历代天师必定入朝，而且每次均受到赐物品加名号的礼遇。到清朝初年，天师张应京入朝，顺治皇帝赐一品印，而到乾隆时，再有天师晋见，降至正五品，不久便停止天师入朝，改为由礼部引见。到了道光皇帝，彻底取消了天师入朝。全真道受到的冷遇亦是如此，北京白云观第7代住持王常月是一个德高望重的道士，曾三次受过清世祖爱新觉罗·福临恩赐紫衣。遭到冷落后，在白云观设坊办班培养道教人才，修改和制定新的清规和戒律，致力于全真道的振起，但均未得到理想效果。

　　王常月之后，清代以至民国时代全真道士必须遵守的初真戒、中极戒、天仙大戒，以及入道仪式、得度方式均是清初经王常月大师所制定的，没有任何改变。

　　清代嵩山道教的境遇，同北京白云观的情况一样。从顺治十年（1653年），至乾隆五十四年（1789年）的百余年间，由朝廷“出库银”整修中岳庙达8次之多，其中以乾隆二十五年（1760年）的规模最大，耗银最多，修饰正殿九间，寝殿五间，并修饰迎神门，峻极门。但不修复土德观，理由是土德观有“通贼”之嫌，而以新建九龙宫代之。

　　清高宗乾隆皇帝，庚午年嵩山之行，是中国数千年历史上封建皇帝亲自巡狩嵩山、祭祀岳神的最后一位，亦是嵩山道教史上的一大盛事。但其对嵩山岳神的崇拜程度，对嵩山道教的重视情况，比汉武帝刘彻、北魏太武帝拓跋焘、大周国主武则天是大大的逊色了。他本人当时就公开说是“到来瞻气象”的。当他乘御舆登上峻极峰之后，并没有进行封禅之礼，仅以“垒石为台，放鹤入云际，御制诗一章，以记登临”。乾隆帝在中岳庙夜宿“行宫”、“御营”三宿，均由中岳庙老道士张常太、秦志云伴驾,导游陪餐。临行前，在道义上和物品上则毫无表示，虽留下越南国的贡品九支彩色如意钩，但仅留下而已。乾隆丁未年《登封县志》修成，而记载乾隆帝庚午年嵩山之行的《皇德记》却对此只字不提。

　　道光二十年（1840年）后，嵩山道教更是每况逾下，昔日的道教盛地崇唐观、崇福宫成了座座破庙。就连道教第六洞天中岳庙御书楼、乾隆行宫、四岳殿等相继倒塌，也无力维修。甚至仅有的樊扑臣、耿永贤、陈国江等20名道士的日常生活，亦是靠种地、庙会香火钱来维持。

　　宣统三年（1911年），孙中山领导辛亥革命成功，推翻中国历史上最后一个封建王朝，建立中华民国，提倡新文化，破除旧传统，是中国历史发展的一次大飞跃，是前无古人的伟大创举。但孙中山先生于民国14年（1925年）故世，留下的如何对待历史形成的宗教信仰向题，如何保留、继承、发展民族文化遗产问题，没有得到妥善处理。尤其是在国民政府执政的22年中，又有日军的入侵，嵩山道教每况逾下，中岳庙成了“中岳中学”，殿堂成为学校教室和师生的宿舍伙房。嵩山全真道随山一系之所太尉宫，成了国民政府基层政权“联保处”，道士石圆亮、李圆天、桑圆升被驱赶到逍遥谷的吕仙庙中。

　　民国25年（1936年）秋，国民党军事委员会委员长蒋介石，由洛阳到登封游览嵩山。在中岳庙浏览中，特意到御书楼后，察看被吴佩孚砸毁的寿星石，看后一笑了之。又到已故道士吴至明墓前，肃立行脱帽礼之后离去。在崇福宫稍事休息走后，古老的太乙泉，却成了“中正泉”。

　　民国30年（1941年）秋，日军公然派飞机对中岳庙狂轰滥炸，峻极殿中弹，殿东南角坍塌，守殿道士张至国被炸伤。

　　民国36年（1947年），是嵩山道教黎明前的黑暗，中岳庙龙门派道士弋元法、张明琴、姚明喜（属祖师宫）、席圆旺、孟明林、单明文、李明宽（属火神宫）、李明贵、徐至堂（属神州宫）、张明义、谷至修（属小楼宫）11人，随山系道士桑圆升一人仍坚守在逍遥谷崇唐观中。